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原创 白墨的生物信息自学之路

进入21世纪后,组学数据井喷式产出,随之而来的问题是如何处理这些数据,挖掘背后隐藏的价值。人们想到利用包括计算机,物理学,数学,统计学在内学科的优势去解析这些大数据,随之催生出一门新的交叉学科,这就是生物信息学。这门学科为生物进化,物种分类,育种技术,药物设计等领域起到巨大的推动作用。不仅使我们更加全面的认识生命,而且随之带来了丰厚的社会效益。这里记录了我学习生物信息时,在平坦道路上曲折前行的步伐。可以为打算学,正在学生物信息的同学提供一些参考,少走一些弯路。让我们一起披荆斩棘,乘风破浪。这.

2020-12-16 10:50:05 1472 9

原创 一文读懂三维基因组

文章目录一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory,CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains,TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains,LAD*六、核仁关联域 *Nucleolar Associating Domains,NAD*七、染色质环 *Chromatin loops*每个人体内都有着两米长的DNA,它是如何紧密折叠

2020-12-25 16:56:37 942

原创 Python 自动化提取基因的 CDS

文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍1、提取单个基因CDS2、提取多个基因CDS2、提取全部基因CDS一、环境准备及背景介绍Python 开发环境:搭建 Python 高效开发环境: Pycharm + AnacondaBiopython 序列处理:生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列示例 Genbank 数据:下载链接Genbank 数据介绍:生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序

2020-12-21 09:59:27 499

原创 Markdown 数学公式写法与速查表

文章目录一、公式写法二、基础公式三、关系运算符四、集合运算符五、戴帽符号六、连线符合七、矩阵八、分段函数九、希腊字母一、公式写法公式语法:$$H(X) = -\sum{P(x)logP(x)}H(X)=−∑P(x)logP(x)H(X) = -\sum{P(x)logP(x)}H(X)=−∑P(x)logP(x)带标号的公式语法:$$H(X) = -\sum{P(x)logP(x)} \tag1$$H(X)=−∑P(x)logP(x)(1)H(X) = -\sum{P(x)logP(x)

2020-12-12 10:52:40 184

SARS-CoV-2.gb

基因序列分析例子数据

2020-12-21

aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

用于极速下载aspera支持的资源,生物信息用于NCBI,EBI基因组下载

2018-05-09

生物信息聚类热图_示例数据

用于‘生物信息可视化 01 | 聚类热图’的例子数据,其中数据均为虚拟数据,与实际生物学过程无关,原文地址:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/100638123

2019-09-08

Trimmomatic Manual

Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter,根据碱基质量值修整FASTQ序列文件

2019-03-26

对仿QQ的头像选择弹出的对话框,酷似!

自定义的对话框,eclipse下运行通过

2015-06-19

空空如也

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