生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析

一、序列下载与整理


下载fasta格式序列

0、输入网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

1、输入你想查找的序列,比如Syp基因 可以点击图片来查看高清图

这里写图片描述

2、进入基因详细信息页面
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3、点击Genbank
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4、如图所示可以下载到fasta格式的序列,注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列

如果你有一定的Python编程基础,可以查看这篇文章来批量下载大量基因序列:生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

这里写图片描述

当然,你也可以直接用CDS,各种基因元件来做进化树。

如果你有编程基础,可以参考这篇从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列 来提取基因特征序列。

这里提供一种提取基因启动子区域的方法

  • 假如你希望得到promoter的基因,可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点
  • 一般promoter的位点不确定,可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter
  • 比如:如图起始位点为7638580,那么起始位点要减500,终止位点加1499,这时需要在from输入7638080,to输入7640079(得到长度为2kb的序列)
  • 点击Update view 按钮
  • 然后和同上一步下载fasta序列
    这里写图片描述

合并多个fasta文件

1、下载多个序列后,我们将下载的序列整理到特定文件夹下,比如D:\Download\fasta_files,就像这样:
mark

2、你的fasta_files文件夹里应该是这样的
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3、返回D:\Download路径下,在文件夹空白地方Shift+右键,点击在此处打开命令窗口
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4、输入
type fasta_files\*.fasta > all_sequence.fasta
mark

5、现在,在你的文件夹下应该类似这样的:
mark

6、得到整合文件 all_sequence.fasta(这个文件也可以通过记事本打开,下面软件为UE)
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二、多序列比对


软件下载安装

Clustalw 下载链接:http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi

Clustalx 下载链接:http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi

MEGA 下载链接:http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe

序列比对

1、打开MEGA,进入序列比对分析
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2、载入fasta序列
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3、使用Clustalw 比对序列,参数默认点OK
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4、跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名,序列去掉5’,3’端的空序列(因为要比对序列同源性,最好把显示 - 的序列去掉,使多序列的两端整齐,类似矩阵)
mark

5、导出fasta格式和MEGA格式两种格式
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6、打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式(注意是比对完的,文件后缀名为.fas)
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7、导出可视化文件,参数默认点OK
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8、得到可视化的多序列比对结果,打开类似这样(打开用到的软件为Adobe Acrobat)
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三、进化树分析


1、打开MEGA,载入meg文件
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2、参数设置(这里是核酸序列)
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3、得到进化树
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4、导出与美化
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美化参考:http://www.sohu.com/a/130616941_278730

四、保守位点分析


1、输入网址

MEME : http://meme-suite.org/tools/meme

2、上传fasta序列(这里的序列是整合后的文件,文件后缀.fasta),并输入参数(这里设置motif为10)
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3、得到保守位点分析结果
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白墨石 CSDN认证博客专家 生物信息学 CSDN博客专家 知乎专栏作家
生物信息学在读博士,主要研究生信流程自动化,生物序列分析,web应用及数据库搭建。
联系方式在左栏,欢迎学习交流,咨询提问 ^.^
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