白墨的生物信息自学之路

mark进入21世纪后,组学数据井喷式产出,随之而来的问题是如何处理这些数据,挖掘背后隐藏的价值。

人们想到利用包括计算机,物理学,数学,统计学在内学科的优势去解析这些大数据,随之催生出一门新的交叉学科,这就是生物信息学。

这门学科为生物进化,物种分类,育种技术,药物设计等领域起到巨大的推动作用。

不仅使我们更加全面的认识生命,而且随之带来了丰厚的社会效益。

这里记录了我学习生物信息时,在平坦道路上曲折前行的步伐。

可以为打算学,正在学生物信息的同学提供一些参考,少走一些弯路。

让我们一起披荆斩棘,乘风破浪。

这里仅仅是我的学习路线,仅供参考,如有建议,欢迎交流 .

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一、生物信息

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1.1 基础及概念

如何快速自学生物信息学

一代测序原理 (Sanger法测序)

二代测序原理(Illumina)

一文读懂 ChIPseq

一文读懂DNA甲基化及BS-seq

1.2 生信数据库

生物信息学数据库及在线工具汇总 (更新)

一文极速读懂 UniProt 数据库

一文极速读懂 KEGG 数据库

一文极速读懂 Gene Ontology (GO)数据库

GO 注释文件 GAF 详解

KEGG 下载 Pathway 通路数据

NCBI生物分类数据库(Taxonomy)

1.3 生信软件

生信软件 | FastQC(质量控制,查看测序质量)

生信软件 | bowtie2(测序序列与参考序列比对)

生信软件 | Samtools(SAM文件处理工具)

生信软件 | Blast (序列比对)

生信软件 | Trimmomati (质量控制,修剪低质和接头序列)

生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

生信软件 | needleall (多对多序列比对)

UCSC 基因组浏览器配置详解

1.4 生信文件格式

生信文件格式 | BedGraph(基因组浏览器绘制)

生信文件格式 | wig(基因组浏览器绘制)

生信文件格式 | bigwig,bw (基因组浏览器绘制)

Fasta格式 图解

1.5 序列分析

生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析

MEGA 的 No common sites found

构建进化树常用方法:生物进化距离(NJ)、统计特征(ML)和离散特征(MP)

生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列

生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

1.5 组学分析

基因组注释文件下载

参考基因组下载

公共测序数据下载

1.5.1 单细胞转录组

Scater 图文详解

Seurat 图文详解

细胞周期预测

S不同单细胞转录组的整合方法

1.7 生信自动化流程搭建

生信自动化流程搭建 01 | Nextflow的介绍与安装

生信自动化流程搭建 02 | 脚本

生信自动化流程搭建 03 | 输入 input

生信自动化流程搭建 04 | 输出 output

生信自动化流程搭建 05 | 通道 Channels

生信自动化流程搭建 06 | 指令

生信自动化流程搭建 07 | 配置文件

生信自动化分析流程 nf-core 的离线运行(图文详解)

1.8 可视化

R 数据可视化 01 | 聚类热图

R 数据可视化 02 | 火山图

R 数据可视化 03 | 圈图

二、计算机

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2.1 Python

2.1.1 Pycharm

搭建 Python 高效开发环境: Pycharm + Anaconda

Pycharm 免费激活专业版(图文详解)

在 Pycharm 中玩转 GitHub(图文详解)

PyCharm + Git + Github 搭建版本控制环境

Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)

Pycharm 自动为脚本文件添加作者信息

2.1.2 Python 基础

Python Pandas 用法速查表

Pandas 修改单列,多列,Dataframe 数据类型方法汇总

使用Pandas处理亿级数据

Python 文件读写操作记录

Python 库文件安装

Python 记录日志 | logging + yaml

Python使用技巧集合

Python 字符操作记录

Python 文件及文件夹操作记录

Python-sublime构建Python运行,调试环境

2.1.3 爬虫

Python爬虫之selenium

爬虫基础之http协议

Scrapy学习笔记一:安装

Scrapy中文乱码解决

Scrapy报错及解决方案集锦

2.2 R

一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)

如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 (图文详解)

2.3 Linux

2.3.1 安装及概念

Linux系统启动,命令,文件详解(更新)

玩转 Windows 自带的 Linux 子系统 WSL(图文指南)

CentOS 6.5 图形界面安装

2.3.2 基础概念及命令

Linux 添加环境变量的五种方法

Linux 归档,压缩,解压命令速查

Ubuntu 更新软件镜像源

Linux 挂载2TB以上硬盘

Linux 远程复制文件和目录

Linux 查看文件,目录,磁盘空间占用容量

Linux find exec 记录

Linux 让进程在关闭终端后继续执行

2.3.3 错误解决

version `ZLIB_1.2.3.3’ not found 解决

version `GLIBC_2.14’ not found 问题解决

libgomp.so.1: version GOMP_4.0’ not found 或者libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8’ not found 错误解决

Cannot open shared object file: No such file or directory 问题解决

2.3.4 软件安装

Linux 安装 node,npm (详细图解)

Ubuntu下安装Java

Linux 安装lxml及各种问题的解决

Conda 安装使用图文详解

Linux fedora flash player安装

2.4 数据库

2.4.1 MySQL

深入理解 MySQL 用户和权限

一文读懂数据库的文本数据类型:CHAR,VARCHAR,TEXT,BLOG,NCHAR、NVARCHAR、NTEXT

数据库设计-范式

MySQL 基本语句记录

查询Mysql中表大小,数据大小,索引大小

查询Mysql数据库中表的所有字段名

MySQL 初始化密码,修改密码,重置忘记的密码

Mysql 将查询结果创建表 插入表

MySQL datatime与timestamp设置自动更新

MySQL 数据库的导入导出

Mysql 数据库记录

MySQL 大数据量导入时:MySQL server has gone away

MySQL报错解决:Error:1294–Invalid ON UPDATE clause for “time” column

Mysql报错:1030 Got error 28 from storage engine

MySQL报错解决:MySQL server has gone away

MySQL 远程连接及错误的解决

2.4.2 MongoDB

Mongodb安装配置详细图文教程

windows,PHP下MongoDB扩展安装

MongoDB常用操作

2.4.3 其他数据库

Windows 与 Linux 安装 sqlite3 数据库(图文详解)

2.5 网站

2.5.1 网站构建及操作

网站搭建,远程操作,文件上传,问题汇总

一步一步安装及配置 Node.js 与 NPM

PHP 技巧 (更新中)

通过js获取IP及物理地址

修复:XAMPP与VMware端口443占用问题“Port 443 in use by …”

wordpress 更新及主题更新的FTP问题

xampp-MySQL-重置密码

如何绘制全球新冠病毒疫情动态分布图

基因组浏览器 JBrowser 安装

2.5.2 ThinkPHP

宝塔中部署 ThinkPHP5(tp5)

ThinkPHP技巧–去除index.php

thinkphp发送邮件 图文教程

2.5.3 Django

Django 使用 ORM 操作数据库详解

Django REST框架 | 封装 Respose 类

Django REST 框架的 FBV 与 CBV 选择

Django 的脚本化启动

Django REST 框架详解 01 | 安装与数据库配置

Django REST 框架详解 02 | 设置与模块

Django REST 框架详解 03 | 模型建立与表设计

Django REST 框架详解 04 | 序列化与反序列化及二者整合

Django REST 框架详解 05 | 视图家族 Mixins

Django REST 框架详解 06 | 视图家族 Generics 与 Viewsets

Django REST 框架详解 07 | 三大认证与权限六表

Django REST 框架详解 09 | 权限组件

Django REST 框架详解 08 | 认证组件

Django REST 框架详解 10 | 频率认证组件

2.5.4 Spring Boot

IDEA快速而优雅的搭建SpringBoot

Spring Boot 之 在IDEA中的热部署

Spring Boot 之 使用Thymeleaf

Spring Boot 之 MySQL数据库使用

Spring Boot 之 报错记录

2.5.5 Joomla

joomla本地安装全过程

joomla学习笔记-备份与还原

joomla学习笔记-MySql数据库Plugin ‘FEDERATED’ is disabled.错误解决方法

三、生物学

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3.1 基础

图解表观遗传学 | 组蛋白修饰

生命可以用更少的氨基酸编码蛋白质吗?

一文读懂进化树(图文详解)

基因结构

细胞结构

3.2 新冠专题

如何科学检测新型冠状病毒?

新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态,分类,基因组,进化,变异,流行病学)

新冠病毒的自我修养

如何绘制全球新冠病毒疫情动态分布图

四、统计学

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从零开始统计学 01 | 假设检验 (详)

从零开始学统计 01 | 神奇的正态分布

从零开始学统计 02 | 总体参数

从零开始学统计 03 | 均值,方差,标准差

从零开始学统计 04 | 协方差与相关性分析

从零开始学统计 05 | 技术重复和生物学重复

从零开始学统计 06 | 样本容量和有效样本容量

从零开始学统计 07 | 标准误差

从零开始学统计 08 | 中心极限定理

从零开始学统计 09 | 对数转换

从零开始学统计 10 | 通俗易懂的 P 值

从零开始学统计 11 | 理解置信区间

五、其他

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搜索中文与外文数据库中的综述类文献

如何既快速又优雅的写博客:Typora + MPic

Typora 构建舒适的高颜值写作环境

Sublime 导出带有颜色的代码

Sublime 究极技巧1 - 彻底解决中文乱码

Sublime 究极技巧2 - 开启Project文件视图,文件检索

Sublime 究极技巧3 - 在线安装插件包及常用插件

Sublime 究极技巧4 - 构建Python,php运行及调试环境

Sublime 常用插件包

白墨石 CSDN认证博客专家 生物信息学 CSDN博客专家 知乎专栏作家
生物信息学在读博士,主要研究生信流程自动化,生物序列分析,web应用及数据库搭建。
联系方式在左栏,欢迎学习交流,咨询提问 ^.^
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