生信格式 | BedGraph(基因组浏览器绘制)

一、特点及适用场景:

  • 存放区间的坐标轴信息和相关评分(score)的文件,主要用于存储稀疏,不连续的数据
  • 后缀名.bedGraph
  • 一般UCSC不建议采用该格式作为基因组浏览器输入文件,因为考虑到数据集大小与索引构建,都不如 bigwig 更高效,尤其在如果bedGraph数据集非常大(超过5000万行 ),推荐转为 bigwig 文件
  • 使用WigTobigWig将 bedGraph 转换为bigWig 文件,文件格式转换详解
  • 需要注意 bedGraph 文件不能转换为 wig 文件

二、格式

一共包含四列:

chromA  chromStartA  chromEndA  dataValue

分别为:

  • 染色体号
  • 起始位点:染色体坐标从 0 开始,这意味着第一个染色体位置为0,而长度为N的染色体的最后位置将为N-1
  • 终止位点
  • 数据值:数据值可以是整数或实数,正值或负值。输入数据中列出的位置必须按数字顺序,并且仅会绘制指定位置的图。

参数

track type=bedGraph name=track_label description=center_label
visibility=display_mode color=r,g,b altColor=r,g,b
priority=priority autoScale=on|off alwaysZero=on|off gridDefault=on|off
maxHeightPixels=max:default:min graphType=bar|points viewLimits=lower:upper
yLineMark=real-value yLineOnOff=on|off
windowingFunction=maximum|mean|minimum smoothingWindow=off|2-16

三、例子

1、bedGraph 文件

下面的文件可以描述为:

在第19号染色体的49,302,001到49,304,701区域的三个轨迹中指定9个独立的数据点。

browser position chr19:49302001-49304701
browser hide all
browser pack refGene encodeRegions
browser full altGraph
#	300 base wide bar graph, autoScale is on by default == graphing
#	limits will dynamically change to always show full range of data
#	in viewing window, priority = 20 positions this as the second graph
#	Note, zero-relative, half-open coordinate system in use for bedGraph format
track type=bedGraph name="BedGraph Format" description="BedGraph format" visibility=full color=200,100,0 altColor=0,100,200 priority=20
chr19 49302000 49302300 -1.0
chr19 49302300 49302600 -0.75
chr19 49302600 49302900 -0.50
chr19 49302900 49303200 -0.25
chr19 49303200 49303500 0.0
chr19 49303500 49303800 0.25
chr19 49303800 49304100 0.50
chr19 49304100 49304400 0.75
chr19 49304400 49304700 1.00

2、粘贴上面的代码,点 Submit

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgCustom

mark

3、绘制轨迹

mark

上面的示例是一个定制轨迹,其中包括track type=一行特定于在浏览器中加载数据的行。

此行将导致原始bedGraph数据文件无法通过validateFiles浏览器外部的其他工具进行验证。

白墨石 CSDN认证博客专家 生物信息学 CSDN博客专家 知乎专栏作家
生物信息学在读博士,主要研究生信流程自动化,生物序列分析,web应用及数据库搭建。
联系方式在左栏,欢迎学习交流,咨询提问 ^.^
已标记关键词 清除标记
相关推荐
©️2020 CSDN 皮肤主题: 成长之路 设计师:Amelia_0503 返回首页